En Soldier of Fortune Payback, asumimos el rol de un mercenario llamado Thomas Mason que se cotiza al más alto nivel. La acción comienza cuando, durante una misión rutinaria de escolta, somos sorprendidos súbitamente por una fuerza de asalto. A partir de ahí comenzarán nuestras misiones para una facción que se hace llamar The Shop.

A medida que vayamos aceptando los encargos, tendremos que primero seleccionar el arsenal que utilizaremos en ellos, con un arma primaria, otra secundaria, pistola y granadas. Luego se nos dará un punto al que llegar, indicado en un pequeño radar, y llegaremos hasta él.